1、生污水中含磷太高（一般为含磷洗衣粉造成）2、好氧段的聚磷菌，不能大量摄取溶解性磷，排泥不畅，沉淀效果不理想。增大二沉池还原电位增高、造成磷释放，除磷效果就会不尽人意，就会产生总磷超标。生活污水中的磷主要来自餐厨废水和洗衣粉残留，然而市政污水厂最头疼的还是总氮问题，所以常常会小看总磷。而水处理中，人们对除磷的掌控也不如脱氮，尤其是对除磷微生物的研究力度远远小于对脱氮微生物的研究力度，所以现在看来总磷超标的原因更像玄学问题。在系统运维上，聚磷菌的最适条件偶尔会和其他微生物发生冲突，不少人就会默认放弃聚磷菌，选择偏向硝化/反硝化菌。
1、部分污水处理厂总磷处理采用生物法，生物除磷中通过聚磷菌在厌氧状态下释放磷，在好氧状态下过量地摄取磷。经过排放富磷剩余污泥而除磷，导致出水总磷超标。
2、无机磷化工废水中含有一定量磷、氟、砷等杂质，其对环境影响较大，必须严格控制后达标排放。这也是磷化工生产企业废水处理最困难的地方。
3、化学镀镍是用还原剂把溶液中的镍离子还原沉积在金属表面，而这种工艺常用的还原剂是次磷酸钠，这种工艺最终会导致废水中的次亚磷超标，这种磷的去除方法比较特殊，引起不能与传统除磷剂发生反应，从而无法去除。
清楚了水中总磷超标的原因，接下来就是如何去治理这些顽皮的磷了。1、在后端投加除磷剂来解决，生活污水厂经过生化后，磷一般都以正磷酸盐形态存在，铁盐、铝盐等对磷都有很好的去除效果。2、通过调节微生物营养比例、DO值、污泥浓度等一系列因素，调整生化处理效果，提高生化去除率。3、添加污水处理工艺设备，进一步对总磷进行处理。
如果采用化学除磷，原理是投加无机金属盐进行化学沉析，比如投加氯化铁和磷反应生成不可溶的磷酸铁，或者投加氯化镁和磷反应生成鸟粪石回收利用。
这方法能有效去除溶解在废水里的正磷酸盐、聚合磷酸盐和有机磷酸盐，但忽视了一些不可溶的磷。理论上处理好SS就能去除不可溶的磷，但磷元素很分散，平时裹挟在污泥和悬浮物中，借助污泥老化解体、污泥中毒死亡、污泥解絮、污泥膨胀等情况重新散逸在水中。
城市污水处理厂除磷主要是依靠生物除磷，即在好氧段前增加厌氧段，使聚磷菌交替处于厌氧和好氧状态，实现磷酸盐的释放与吸收，并通过排放剩余污泥来达到除磷目的。在生物除磷难以达标的条件下，还可以考虑投加化学药剂来辅助除磷。化学除磷主要是通过混凝、沉淀和过滤等方法使磷成为不溶性的固体沉淀物，从污水中分离出来。
生物除磷是利用聚磷菌在好氧条件下过量摄入磷元素合成聚合磷酸盐储存在体内的特性，再通过排泥的方式去除这部分磷。为了保证池子里始终有足够数量的聚磷菌，需要把一部分吸饱了磷的聚磷菌送回厌氧池把磷释放出来，然后再次进入好氧池完成繁殖。生物除磷比化学除磷更容易出状况，但凡有东西让聚磷菌这套流程走不同，出水总磷就超标了。
虽然聚磷菌属于对温度不太敏感的类型，但也只是相对而言，该怕冷时还是怕冷。低于10℃时生长速度明显减缓。
生物除磷的pH在6.5-8.0比较合适，pH低了会影响吸磷效率，而且pH下降造成的影响是破坏性的，经过短时间大幅下降后，哪怕再提升回原样，吸磷效率也无法恢复。
低pH有利于磷的释放，高pH有利于磷的吸收，而除磷效果是磷释放和吸收的综合。因此在生物除磷系统中，宜将混合液的pH控制在6.5～8.0的范围内。由于对出水总磷指标要求的不断提高，除生物除磷外，化学除磷也得到越来越的应用。但化学除磷在提高除磷效果的同时，也会因为投加化学药剂而使剩余污泥量大大增加，进而增加污泥处理量与泥饼处置量。实际中应根据实验来确定化学药剂的投加点与投加量，并及时调整，确保出水磷含量稳定达标，并尽可能降低药耗。
溶解氧浓度是聚磷菌聚磷和释磷的判断条件，厌氧池溶解氧不能高于0.2mg/L，好氧池溶解氧不能低于2mg/L，否则会影响聚磷菌的除磷效果。
对于除磷而言，排泥越快除磷就越多，但为了保证好氧池污泥的正常活性，污泥龄一般控制在8天左右。
要保证除磷效果，应控制进入厌氧区的污水中BOD5/TP大于20。由于聚磷酸菌属不活动菌属，其生理活动较弱，只能摄取有机物中极易分解的部分。因此，进水中应保证BOD5的含量，确保聚磷酸菌正常的生理代谢。但许多城市污水处理厂实际进水存在碳源偏低，氮、磷等浓度较高等现象，导致BOD5/TP值无法满足生物除磷的需要，影响了生物除磷的效果。
厌氧区的微生物处理硝态氮会消耗有机质，如果硝酸盐浓度大于2mg/L。会明显抑制聚磷菌的释磷，保险起见，一般会控制在1.5mg/L以下。
厌氧-好氧除磷系统的的回流比不宜太低，应保持足够的回流比，尽快将二沉池内的污泥排出，防止聚磷菌在二沉池内遇到厌氧环境发生磷的释放。在保证快速排泥的前提下，应尽量降低回流比，以免缩短污泥在厌氧区的实际停留时间，影响磷的释放。在厌氧-好氧除磷系统中，若污泥沉降性能良好，则回流比在50～70%范内，即可保证快速排泥。
污水在厌氧区的水力停留时间一般在1.5～2.0h的范围内。停留时间太短，一是不能保证磷的有效释放，二是污泥中的兼性酸化菌不能充分地将污水中的大分子有机物分解成低级脂肪酸，以供聚磷菌摄取，从而也影响了磷的释放。污水在好氧区的停留时间一般在4～6h，这样即可保证磷的充分吸收。
通过以上各种影响因素的控制，可以有效去除水体中顽固性的磷元素，确保总磷达标。
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