对于水样保存的方法，主要有冷藏和加入保存剂两种：

冷藏：原则上讲，从采样到分析的时间间隔应越短越好。水样若不能及时进行分析，一般应保存在4℃的低温暗室内。这样可使生物活性受到抑制，生物化学作用显著降低，以最大限度保持水质的原始状态。

加入保存剂：保存剂可以在采样后立即往水样中投加，也可以事先将保存剂加到采样容器中。对保存药剂的一般要求是：保存剂不能干扰待测物的测定，不能影响待测物的浓度。

由于水样的组分、浓度和性质不同，同样的保存条件下不能保证适用于所有类型的样品，在采样前应根据样品的性质、组成和环境条件来选择适宜的保存方法和保存剂。

国标GB/T5750.2-2006提供了常用的保存方法，具体如下：

水样中一些常规项目对水样的存放容器和保存方法具体要求如下：

1.氟化物与玻璃能反应，测氟化物的水样应使用聚乙烯塑料瓶保存，可保存14天。

2.测六价铬的水样要求采样容器内壁应光滑、无损。

3.测亚硝酸盐氮的水样应避光冷藏，尽快测定。

4.测卤代烃类的水样应现场处理后避光保存，在4小时内测定。

5.测色度、浊度、电导率的水样应冷藏保存。

6.测挥发性有机物的水样用HCl(1:10)调制 pH≤2，加入抗坏血酸0.01~0.02g除去残留的余氯，在12小时内测定。

7.测氰化物、挥发酚类的水样要在玻璃瓶内加NaOH至pH≥12，冷餐避光保存，24小时内测定，如有游离余氯，加亚砷酸钠除去。

8.测氨氮、硝酸盐氮、耗氧量的水样应每升水样加入0.8ml浓硫酸，0~4℃避光保存。

9.测农药类、除草剂类、邻苯二甲酸酯类的水样，要加入抗坏血酸0.01~0.02g除去残留余氯保存于玻璃瓶内，24小时内测定。

10.测砷的水样，加硫酸至pH≤2，保存期限为7天。

11.测一般金属的水样，加硝酸至pH≤2，保存期限为14天。

最新标准GB/T5750.2-2023修改了常用的保存方法，具体如下：