RNA提取少走弯路——新手必读

赵桂芝 0 2022-08-26

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做实验的小伙伴们都知道，与 DNA 相比，RNA 是极其脆弱的。这是由于 RNA 自身的不稳定性及 RNase 的稳定存在，使得 RNA 极易被分解。另外，与动物组织和培养细胞相比，植物组织的 RNA 更难提取。在完整的细胞内，上述物质与核酸是分离的；但在提取过程中细胞破裂，各种物质混杂在一起，容易干扰 RNA 的提取效果。接下来跟小析姐一起来看看正确操作吧。

在样品用液氮瞬间冻结之后，应该储存在-80°C，千万不能解冻。即使是置于含有胍盐的裂解液中作匀浆前的短暂解冻，也会导致RNA的降解和损失。瞬间冻结的组织应该首先在超低温条件下先研磨成粉，然后置于裂解液中进行匀浆。

RNAfixer使样品储存更为便利。储存在RNAfixer中的细胞或组织可在室温下稳定保存长达1个星期，在4°C可稳定保存长达1个月，或永久保存在-20°C。

消除环境RNase的污染

为了得到完整的、高品质RNA，在整个RNA制备过程中，当RNA离开强蛋白变性剂（如离液裂解液或酚）的保护时，避免引入新的RNase污染就非常关键。由于RNase几乎是无所不在，所以必须确保与纯化的RNA接触的每一样东西都是无RNase污染的。所有的表面，包括移液器、工作台、玻璃器皿和制胶设备，都必须用表面去污净化溶液如RNase喷雾清除剂来处理过，去除各种溶液或者反应缓冲液中可能存在的RNase污染，可以用RNAsafe。必须保证一直使用无RNase的枪头、试管和溶液，手套也应经常更换。

迅速灭活内源的RNA酶，以防止RNA降解

以下3个方法均可有效使内源RNA酶失活：

1）用含离液（如胍盐）的细胞裂解液收获样品，并立即匀浆。

2）用液氮瞬间冻结样品。值得特别注意的是：组织块必须保证足够小，在浸入液氮的瞬间就能冻结，以确保瞬间令RNA酶失活。

3）立即将样品置于RNAfixer无液氮RNA样品储存液中。它是一种水相、无毒的收集试剂，能立即稳定并保护完整、未冻结的组织和细胞样品中的RNA。关键要点是组织样品切片一定要够薄（<0.5 cm），这样RNAfixer才能在RNase破坏RNA之前迅速渗入组织块中。

选择合适破壁方法

细胞或组织的彻底匀浆对RNA提取来说，是一个很关键的步骤，它能够防止RNA的损失和降解。匀浆的方法应根据细胞或组织的类型来选择。大部分培养的细胞可以置于细胞裂解液中，通过简单的涡旋震荡来匀浆；而动物组织、植物组织、酵母和细菌、真菌则常常需要更加剧烈的方法，通常用液氮研磨。比如说细菌（特别是革兰氏阳性菌）的细胞壁，就需要溶菌酶消化来实现彻底的细胞裂解和RNA的最大回收，酵母提取时加入破壁酶帮助破壁，再用TRIpure或RNApure进行提取。

不同材料如何选择最适RNA提取试剂

现有众多的RNA分离方法也许令人难以取舍。目前最简单也是最安全的方法是柱式分离，如RNApure 因为操作简单，时间短，纯度高而受到大家的喜爱，RNApure不需要DNA酶消化DNA，节省了时间，避免RNA的降解，从而提高了产量；相对非柱式分离（如TRIzol），去除蛋白及其他杂质干净，提高了纯度，对于细胞、组织、一般植物均非常适合。植物RNA的提取比较难抉择，植物RNA提取受酚、多糖、蛋白杂质、次生代谢物含量的影响，一般用TRIzol提取纯度不高，而且很多植物用TRIzol提取不出来。

这时候可以选择多糖多酚植物总RNA提取试剂盒（水仙、辣椒、胡萝卜、玉米、百合、小麦、西红柿、花菜、油菜等）和通用植物RNA提取试剂盒（适合绝大多数植物提取，包括：各种中草药、植物种子、苹果、葡萄、草莓、香蕉、龙眼、荔枝、草坪植物、松树、杉树、白桦、紫松果、彩叶草、一品红、夹竹桃、垂叶榕、紫罗兰、月季、天竺蓝、牵牛花等）；非常值得一提的是血液（包括血清、血浆、脑脊液、各种拭子或其他液体含量高的样本）RNA的提取用TRIzol和红细胞裂解的方法效果都不好，因为红细胞裂解液不含有RNA酶的抑制成分，这个过程RNA很容易降解，推荐使用TRIpure LS (RP1101)或者血液总RNA提取试剂盒（RP4001），该方法适用于表达谱芯片实验中RNA的提取，并成为博奥生物芯片北京国家工程研究中心的推荐方法：

低浓度RNA的沉淀

纯化得到的RNA可能需要通过沉淀来浓缩，以满足一些下游应用的需要。醋酸铵(NH4OAc) 沉淀（加0.1体积的5M 醋酸铵、2-2.5体积的无水乙醇，-20°C放置25分钟以上）可以很好地回收RNA。如果需要定量回收低浓度的RNA（ng/ml），可以采用共沉淀（如linear acrylamide糖原glycogen,、酵母yeast RNA ）的方法。核酸助沉剂是linear acrylamide，当RNA用于RT-PCR分析时，线性的丙烯酰胺和DNase处理的糖原都可以作为理想的共沉淀剂，因为它们都不含DNA污染，糖原含量高会抑制PCR反应，应注意控制浓度，核酸助沉剂对PCR无影响，成为病毒核酸提取的首选。酵母RNA和未处理的糖原会给样品带来核酸污染，有可能影响RT-PCR的结果。沉淀后，注意避免RNA沉淀过分干燥，因为这可能导致很难重新溶解。

提取好的RNA如何储存

如果只是短期储存，重悬的RNA应放置于-20°C；如果是长期储存的话，就应该放置于-80°C。储存RNA时，可以加入少量的RNA酶抑制剂（RP5601），避免RNA的降解，RNA可以直接做下游实验。如果要长期保存RNA，可以加入RNAlong。我们推荐将RNA溶液分装在几支管中。这会避免反复冻融损伤RNA，并预防偶然的RNase污染。

责任编辑：展源

审　　核：何发

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