一、分类层级：从宏观到微观

微生物分类遵循生物学通用层级，按 相似性由低到高 排列：
域（Domain）→ 界（Kingdom）→ 门（Phylum）→ 纲（Class）→ 目（Order）→ 科（Family）→ 属（Genus）→ 种（Species）→ 株（Strain）

二、术语详解与实例对比

1. 菌群（Microbial Community）

• 定义：特定环境中所有微生物的混合群体，强调 多样性 和 相互作用。

• 实例：

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• 人体肠道菌群：包含拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）等不同菌门；

• 酸奶发酵菌群：乳酸菌（Lactobacillus）与酵母菌（Saccharomyces）共生。

2. 菌属（Genus）

• 定义：分类学中 高于种、低于科 的单元，包含遗传特征高度相似的多个菌种。

• 实例：

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• Escherichia（埃希氏菌属）：包含 E. coli（大肠杆菌）、E. albertii 等菌种；

• Streptomyces（链霉菌属）：包含数百个产抗生素的菌种。

3. 菌种（Species）

• 定义：分类学核心单元，同一菌种的微生物可 自然交配并产生可育后代（基于生物学种概念）。

• 实例：

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• Saccharomyces cerevisiae（酿酒酵母）：用于烘焙和酿酒；

• Bacillus subtilis（枯草芽孢杆菌）：工业酶生产菌种。

4. 菌株（Strain）

• 定义：同一菌种内因基因突变、人工改造或分离来源不同形成的 亚型，功能特性可能显著差异。

• 实例：

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• Lactobacillus casei Zhang：分离自蒙古发酵乳，具有强耐酸性的益生菌株；

• Pseudomonas aeruginosa PAO1：研究生物膜形成的标准实验室菌株。

三、区别与联系总结

四、如何区分它们？

1. 实验鉴定方法

• 菌群分析：16S rRNA/ITS高通量测序（确定门、属组成）；

• 菌属/种鉴定：

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• 传统方法：形态观察、生化试验（如API 20E）；

• 分子方法：16S rRNA测序（细菌）、ITS测序（真菌）；

• 菌株区分：

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• 全基因组测序（SNP分析）；

• 表型特征（耐药性、代谢产物）。

2. 举个栗子

• 样本：泡菜发酵液

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• 菌群：包含乳酸菌、酵母菌、醋酸菌等多种微生物；

• 菌属：乳酸菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）；

• 菌种：Lactobacillus plantarum（植物乳杆菌）、Leuconostoc mesenteroides（肠膜明串珠菌）；

• 菌株：Lactobacillus plantarum WCFS1（具有耐盐特性的工业菌株）。

五、常见误区

1. 误区：“菌株是菌种的别名。”
   正解：菌株是菌种内的细分，如同一人种的个体差异。

2. 误区：“菌群仅指细菌。”
   正解：菌群包含细菌、真菌、古菌、病毒等所有微生物。

六、应用场景

• 科研论文：需精确描述微生物层级（如研究菌株而非笼统称菌种）；

• 工业生产：专利中需注明菌株编号（如 Bacillus subtilis BS-1）；

• 临床诊断：病原菌鉴定到种或株（如耐药性分析需明确菌株类型）。

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总结：菌群是“大家庭”，菌属是“姓氏”，菌种是“姓名”，菌株是“身份证号”。下次遇到这些术语，别再傻傻分不清啦！